Zhu Youjian merupakan anak kelima Zhu Cheng Luo, Maharaja Taichang. Ibunya, Cik Liu, adalah gundik Maharaja Taichang yang berpangkat rendah. Apabila Zhu Youjian berusia empat tahun, ibunya telah dihukum mati oleh bapanya atas sebab yang tidak diketahui dan telah dikebumikan secara rahsia. Zhu Youjian kemudian diambil sebagai anak angkat oleh gundik bapanya yang lain. Beliau pertama kali dibesarkan oleh Gundik Kang, dan kemudian oleh Gundik Zhuang selepas Gundik Kang mengambil anak angkat abang sulung Zhu Youjian iaitu Zhu Youxiao.

Semua anak-anak Maharaja Taichang meninggal dunia sebelum mencapai usia dewasa kecuali Zhu Youxiao dan Zhu Youjian. Zhu Youjian membesar dalam persekitaran yang agak sunyi tetapi tenang. Selepas Maharaja Taichang meninggal dunia pada tahun 1620, Zhu Youxiao menggantikan ayahnya dan ditabalkan sebagai Maharaja Tianqi. Beliau memberi gelaran "Prince of Xin" (信 王) untuk Zhu Youjian dan memberi penghormatan kepada ibu Zhou Youjian, Cik Liu sebagai "Gundik Xian" (賢妃).Khuatir dengan pegawai mahkamah istana Wei Zhongxian, yang mengawal Maharaja Tianqi, Zhu Youjian mengelak daripada menghadiri sesi mahkamah empayar dengan alasan sakit sehingga dia dipanggil menghadap ke mahkamah oleh abangnya pada 1627. Pada masa itu, Maharaja Tianqi sakit serius dan mahu Zhu Youjian bergantung kepada Wei Zhongxian pada masa akan datang.[1]

Apabila Maharaja Tianqi meninggal dunia pada Oktober 1627, Zhu Youjian ketika itu berumur lebih kurang 16 tahun, telah menaiki takhta sebagai Maharaja Chongzhen.[2] Peralihan kuasa dibantu oleh Maharani Zhang, walaupun gerakan Wei Zhongxian untuk kekal mendominasi mahkamah empayar.[3] Dari awal pemerintahannya, Maharaja Chongzhen melakukan yang terbaik untuk menyelamatkan Dinasti Ming. Usaha beliau untuk pembaharuan tertumpu kepada golongan atasan dalam penubuhan awam dan tentera. Walau bagaimanapun, dalam tahun-tahun berleluasanya gejala rasuah dan kekosongan harta perbendaharaan menjadikannya hampir mustahil untuk mencari menteri yang berkebolehan untuk mengisi jawatan penting kerajaan. Maharaja juga cenderung bersikap curiga terhadap orang bawahan, dengan menjatuhkan hukuman mati keatas berpuluh-puluh komander, termasuk panglima Yuan Chonghuan, yang mengarahkan pertahanan di sempadan utara terhadap orang-orang Manchu yang kemudiannya diketuai dinasti Jin  (kemudian Dinasti Qing). Masa pemerintahannya, Maharaja Chongzen telah menunjukkan rasa takutnya pada amalan berpuak-puak di kalangan pembesar beliau, yang telah menjadi suatu isu yang serius semasa pemerintahan Maharaja Tianqi. Tidak lama selepas kematian abangnya, Maharaja Chongzhen segera menyingkirkan Wei Zhongxian dan Puan Ke, serta pegawai-pegawai lain yang dipercayai akan terlibat dalam "Konspirasi Wei-Ke".[4]

Sementara itu, kumpulan partisan dari Akademi Dongli yang telah hancur di bawah pengaruh Wei Zhongxian, telah menubuhkan organisasi politiknya di seluruh wilayah Jiangnan.[5] Antara ketua utamanya ialah Fushe, atau Persatuan Pemulihan yang anggotanya adalah generasi baru cendekiawan yang dikaitkan dengan puak Donglin lama.[6] Mereka berjaya menempatkan ahli-ahli mereka dalam jawatan tertinggi kerajaan melalui peperiksaan diraja pada 1630 dan 1631. Pembalikan nasib Wei Zhongxian menghasilkan satu pembaharuan puak Donglin untuk mendapatkan pengaruh di mahkamah, yang menimbulkan syak wasangka daripada Maharaja Chongzhen.[7] Pencalonan dari Donglin lebih banyak menyebelahi Qian Qianyi bagi jawatan Setiausaha Agung telah menimbulkan beberapa tuduhan rasuah dan berpuak-puak oleh pesaingnya Wen Tiren. Qian Qianyi dipenjarakan atas perintah maharaja. Walaupun dia kemudiannya dibebaskan, status beliau telah dikurangkan kepada orang biasa dan beliau kembali ke Jiangnan. Wen Tiren kemudiannya menjadi Setiausaha Agung.[8]